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一、微生物的敏感性 不同的病原微生物，對消毒劑的敏感性有很大的差異，例如病毒對堿和甲醛很敏感，而對酚類的抵抗力卻很低。大多數的消毒劑對細菌有殺滅作用，但對細菌的芽孢和病毒作用很小，因此在消毒時，應考慮致病微生物的種類，選用對病原體敏感的消毒劑。
二、消毒劑的濃度 一般來說，消毒劑的濃度越高，殺菌力也就越強，但隨著消毒劑濃度的增高，對活組織（畜禽體）的毒性也就相應地增大。另一方面，有的消毒劑當超過一定濃度時，消毒作用反而減弱，如70％～75％的酒精殺菌效果要比95％的酒精好。
三、消毒劑使用的時間 一般情況下，消毒劑的效力同消毒作用時間成正比，與病原微生物接觸并作用的時間越長，其消毒效果就越好。作用時間如果太短，往往達不到消毒的目的。
四、消毒劑的溫度 消毒劑的殺菌效力與溫度成正比，溫度增高，殺菌效力增強，因而夏季消毒作用比冬季要強。
五、環境中有機物的存在 當環境中存在大量的有機物如畜禽糞、尿、污血、炎性滲出物等，能阻礙消毒藥與病原微生物直接接觸，從而影響消毒劑效力的發揮。另一方面，由于這些有機物往往能中和并吸附部分藥物，也使消毒作用減弱。
因此在進行消毒之前，應首先對畜禽舍進行徹底清掃和沖洗，清除畜禽舍內的糞尿污物等，從而充分發揮消毒劑的有效作用。
